Το 1118 στην Ιερουσαλήμ, αμέσως μετά την 1η σταυροφορία, είκοσι περίπου χρόνια μετά την ίδρυση του Βασιλείου της Ιερουσαλήμ από τον Γοδεφρίδο ντε Μπουγιόν (Godfrey de Boullion), ο Κόμης Ούγος ντε Παγιάν (Hughes de Payens) ευγενής από την Καμπανία και ο Ιππότης Γοδεφρίδος ντε Σαίντ Ομέρ (Godfrey de Saint-Omer), που είχαν χειροτονηθεί Αυγουστιανοί μοναχοί, έφθασαν στους Αγίους Τόπους και εγκαταστάθηκαν στην περιοχή γύρω από τα ερείπια του Ναού του Σολομώντος, όπου τους επέτρεψε να μείνουν ο τότε Βασιλιάς των Ιεροσολύμων Βαλδουίνος ο Β΄ (Baldwin II of Jerusalem). Φανερός σκοπός τους ήταν να ιδρύσουν ένα Τάγμα με διπλή ιδιότητα: μοναστική και στρατιωτική για να προστατεύει τους Ευρωπαίους προσκυνητές, που επισκέπτονταν εκείνη την εποχή τους Αγίους Τόπους, και συγκεκριμένα την ευαίσθητη περιοχή από το λιμάνι του Αγίου Ιωάννη της ΄Ακρα μέχρι την Ιερουσαλήμ. (Φαράγγι του Σατώ Πελερίν-Chateau Pelerin).
Επειδή εγκαταστάθηκαν γύρω από τον ναό του Σολομώντος, ονομάσθηκαν Ιππότες του Ναού ή Ναΐτες και το Τάγμα τους, Τάγμα του Ναού. Σε λίγο προστέθηκαν και άλλοι 7 Ιππότες.
Επειδή στην αρχή αυτοί οι Ιππότες - Μοναχοί ήταν πολύ πτωχοί, ίππευαν ανα δύο σε ένα άλογο. Η σκηνή αυτή αποτυπώθηκε στην σφραγίδα-σύμβολο των Ναϊτών.
Οι δύο ιδρυτές είχαν λάβει το χρίσμα απο τον Πατριάρχη Θεόκλητο, που ήταν Βυζαντινός άγιος, απόγονος του Αγίου Ιωάννη του Ευαγγελιστή. Για τον λόγο αυτό αποδόθηκε στους Ναϊτες η Ιωαννιστική Διδασκαλία.
Οι 9 ιππότες ήταν οι:
-Ούγος ντε Παγιάν (Hughes de Payens)
-Γοδεφρίδος ντε Σεντ-Ομέρ (Godfrey de Saint-Omer)
-Αρσαμπώ ντε Σεντ-Ενιάν (Archambaud of Saint-Aignan)
-Παγιάν ντε Μοντιντιέ (Payen of Montidier)
-Τζεφρέ Μπισσώ (Geoffrey Bissot)
-Ροσσάλ ή Ρολάντ (Rossal ή Roland)
-Aντριου ντε Μοντμπαρ (Andrew of Montbard)
-Γκοντμάρ (Gondemare)
-Γκοντφρουά (Godfroi)
Επικεφαλής του Τάγματος ήταν ο Μέγας Διδάσκαλος (Μάγιστρος) ο οποίος είχε πλήρη και απόλυτη εξουσία επί των μελών. Η πολεμική κραυγή των Ναϊτών Ιπποτών ήταν:
"Όχι για μας Κύριε, όχι σε μας, αλλά για το δικό Σου Όνομα όλη η δόξα"
“Non nobis, Domine, non nobis, sed Nomini Tuo da gloriam »
Οι Ναΐτες, είχαν δύο λάβαρα: Το λάβαρο της ειρήνης που είχε σχέση με την προσπάθεια δημιουργίας μιας Παγκόσμιας Αδελφότητας , Λευκό με κόκκινο σταυρό στη μέση. Το λάβαρο του πολέμου (Beauceant), που είχε σχέση με τον εσωτερικό πόλεμο, ήταν μισό λευκό μισό μαύρο (άλλες φορές χωρισμένο οριζόντια και σπανιότερα κάθετα) με κόκκινο σταυρό.
Στα πρώτα τους βήματα οι Ναΐτες είχαν την υποστήριξη μίας από τις μεγαλύτερες μορφές της εποχής: του Αγίου Βερνάρδου του Κλερβώ, 
(Saint Bernard of Clairvaux), επικεφαλής του Μοναχικού Κισκερκιανού Τάγματος ( για τον οποίο λέγεται, ότι είχε μυηθεί στις Μυστικές Διδασκαλίες των Πατέρων 
Ο τρόπος ζωής τους ήταν ένας συνδυασμός μοναστικής ζωής και σκληρής στρατιωτικής πειθαρχίας. Κάθε νέο μέλος του τάγματος καλούταν να απαρνηθεί κάθε προσωπική περιουσία και εξουσία και να αφιερωθεί πλήρως και αποκλειστικά σε αυτό. Για την εισαγωγή του στις τάξεις των Ναιτών έπρεπε να περάσει από μια διαδικασία μύησης για την οποία σχεδόν τίποτε δεν είναι γνωστό, αν και οι εικασίες περισσεύουν. Θεωρείται βέβαιο πώς η διαδικασία αυτή περιελάμβανε μια σειρά σωματικών και πνευματικών δοκιμασιών που αφενός θα πρόκριναν τους άξιους προς ένταξη και αφετέρου θα τους προετοίμαζαν για τη σκληρή ζωή που θα ακολουθούσε.
Η εκρηκτική αύξηση της δύναμης και της επιρροής τους μάλλον οφείλεται σε ένα συνδυασμό στοιχείων. Η πλήρης ανεξαρτησία τους από κάθε εξουσία πλην αυτής του Παπικού θρόνου ήταν σίγουρα ένα από αυτά καθώς και η συγκεντρωτική μορφή λειτουργίας τους, η απόλυτη αρχή του Μεγάλου Μάγιστρου και το κοινωνικοπολιτικό περιβάλλον. Έτσι, οι Ναίτες κατόρθωσαν να αποτελέσουν μια στρατιωτική και οικονομική δύναμη πολύ ισχυρότερη των περισσοτέρων βασιλείων της εποχής εκείνης.
Η στρατιωτική τους ισχύς ήταν αποτέλεσμα κυρίως της σκληρής εκπαίδευσης και πειθαρχίας τους. Οι αριθμοί τους δεν ήταν ποτέ ιδιαίτερα εντυπωσιακοί, καθώς το σύνολο των ιπποτών, ακολούθων και ιερέων του τάγματος δεν ξεπέρασε ποτέ τις 20.000, ενώ σε καμία μάχη δεν παρατάχθηκαν περισσότεροι από 1.000 Ναίτες.
Όμως πραγματικά εντυπωσιακή ήταν η οικονομική τους δύναμη. Φαίνεται παράξενο το πώς είναι δυνατό μία ομάδα ανθρώπων οι οποίοι έχουν λάβει όρκους
Μετά την πτώση των Ιεροσολύμων το 1187, οι Ιππότες του Ναού αποσύρθηκαν στον Άγιο Ιωάννη της Ακρας. Αργότερα, μετά την κατάκτηση της περιοχής από τους Σαρακηνούς το 1291, όπου πέθανε ηρωικά ο 21ος Μεγάλος Μάγιστρος των Ιπποτικού Τάγματος των Ναϊτών, ο Guillaume de Beaujeu, οι Ιππότες εγκαταστάθηκαν στην Νήσο Κύπρο. Η έδρα τους μεταφέρθηκε από τα Ιεροσόλυμα στο Παρίσι, στο Μοναστήρι των Ναϊτών, αλλά υπήρξε και διασπορά σε πολλές άλλες χώρες της Ευρώπης με αποτέλεσμα το Τάγμα να διαθέτει περισσότερες από 9000 κεντρικές και περιφερειακές διοικήσεις.
Εδώ θα πρέπει ν΄ αναφέρουμε ότι, κατά τα τέλη του 13ου αιώνα, οι Ναϊτες κατείχαν γη και κάστρα και στον Ελλαδικό χώρο, όπως, στον Μοριά, στην Καλαμάτα, στην Παλαιόπολη, στην Κυλλήνη, στην Λαμία, στην Εύβοια και σε πολλά άλλα σημεία της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας.
Το τρίπτυχο στρατιωτικής ισχύος, οικονομικής δύναμης και πλήρους αυτονομίας φαίνεται πώς ήταν και η βασική αιτία που προκάλεσε τη διάλυσή τους. Τα πλούτη, η δύναμη και η δόξα του Τάγματος των Ναϊτών προκάλεσαν επικίνδυνα την απληστία του Γάλλου βασιλέα Φιλίππου του Ωραίου, ο οποίος, με κάθε τρόπο αποφάσισε να σφετερισθεί την περιουσία των Ναϊτών Ιπποτών.
Ναΐτες - Η Μυστική Αδελφότητα …..ΣΧΕΤΙΚΟ VIDEO
Στις 13 Οκτ
Οι ανακριτές, χρησιμοποιώντας βασανιστήρια κατόρθωσαν να αποσπάσουν ομολογίες από αρκετά μέλη του τάγματος. Πρέπει να σημειωθεί ότι η μέθοδος απόσπασης ομολογιών με τη μέθοδο των βασανιστηρίων ήταν βασική αρχή του νομικού συστήματος της εποχής, καθώς ήταν ο μόνος τρόπος να στοιχειοθετηθεί κατηγορία, απουσία αυτόπτων μαρτύρων.
Η πρώτη αντίδραση του τότε Πάπα, του Κλήμη V ήταν μάλλον οργισμένη, καθώς ήταν ο μόνος που είχε το δικαίωμα να ασκεί έλεγχο στο τάγμα. Όμως είχαν ήδη προκύψει οι πρώτες ομολογίες. Στο σημείο αυτό υπάρχει διχογνωμία μεταξύ πολλών ιστορικών για το κατά πόσο ο Φίλιππος και ο Κλήμης ήταν σε συνεννόηση πριν τις συλλήψεις του 1307. Φαίνεται πάντως πιθανότερο ότι ο Φίλιππος ξεκίνησε το διωγμό με δική του πρωτοβουλία και οι όποιες συνεννοήσεις έγιναν στη συνέχεια.
Στις 16 Οκτωβρίου 1311, η Σύνοδος της Βιέννης στην οποία διενεργήθηκε η συνολική εξέταση της δράσης του τάγματος αποφάσισε ότι δεν μπορούσε να αποδειχθεί πώς το τάγμα, ως συντεταγμένος οργανισμός είχε υιοθετήσει αιρετικές απόψεις και πρακτικές και ότι οι όποιες ομολογίες αφορούσαν μεμονωμένα άτομα. Κατά συνέπεια προτάθηκε, κατά πλειοψηφία, η μη διάλυση του τάγματος. Όμως ο Πάπας, προφανώς πιεζόμενος από το Βασιλιά της Γαλλίας, αποφάσισε τη διάλυση του τάγματος στις 22 Μαρτίου 1312, χωρίς όμως 
Σε εκκρεμότητα ήταν ακόμα η τύχη του Μεγάλου Μάγιστρου Jacques de Molay και των τριών υπαρχηγών του. Είχαν ομολογήσει την ενοχή τους και έπρεπε να επανέλθουν στην ορθή πίστη. Όμως, κατά τη διάρκεια της δημόσιας τελετής για την ανάγνωση της ποινής τους, μπροστά στη Notre Dame του Παρισιού, ο Jacques de Molay ανακάλεσε την ομολογία του και διακήρυξε τόσο τη δική του αθωότητα, όσο και το άδικο και ψευδές των κατηγοριών εναντίον ολόκληρου του τάγματος. Μετά από αυτή την ανάκληση της ομολογίας του, στην οποία τον ακολούθησε και ένας από τους υπαρχηγούς του, οδηγήθηκε στην πυρά, στις 19 Μαρτίου 1314. Σύμφωνα με το θρύλο ο Jacques de Molay, μέσα από την πυρά, καταράστηκε τον Πάπα και το Βασιλιά της Γαλλίας να εμφανισθούν ενώπιον του δικαστηρίου του Θεού πριν τελειώσει ο χρόνος. Και οι δύο πέθαναν λίγο αργότερα.
Το θέμα της ενοχής ή όχι των Ναιτών και της ακρίβειας των κατηγοριών που τους βάρυναν εξακολουθεί μέχρι και σήμερα να διχάζει τους ιστορικούς και μελετητές. Δεν είναι λίγοι αυτοί που υποστηρίζουν ότι είναι πολύ πιθανό, στις τελετές μύησης να είχαν εισέλθει και αρκετά στοιχεία ανατολίτικης μυσταγωγίας, ως αποτέλεσμα της αλληλεπίδρασής με τους λαούς της Ανατολικής Μεσογείου και τους αντιπάλους τους στους Αγίους Τόπους. Σε ποιο βαθμό και με ποια μορφή παραμένει άγνωστο, καθώς ελάχιστα πράγματα είναι γνωστά για τις τελετές μύησης και το ακριβές τελετουργικό τους.
Οι εικασίες
Η ιστορία των Ιπποτών του Ναού και κυρίως ο τρόπος με τον οποίο τερματίστηκε η ύπαρξη του τάγματος, έχουν δώσει τροφή σε μια σειρά από θεωρίες. Σύμφωνα με τις θεωρίες αυτές, η δύναμη και η επιρροή των Ναϊτών πρέπει να οφειλόταν και σε κάποια άλλη παράμετρο πέραν αυτών που ήδη αναφερθήκαν.
Μία από αυτές τις θεωρίες υποστηρίζει ότι οι Ναίτες, κατά τη διάρκεια του στρατωνισμού τους στο μέρος όπου βρισκόταν ο Ναός του Σολόμωντα, κατόρθωσαν να ανακαλύψουν την Κιβωτό της Διαθήκης, σε μια κρύπτη, κάτω από τη γη. Η Κιβωτός αποτελούσε το «θησαυρό» των Ναϊτών που συχνά αναφέρεται σε διάφορα κείμενα της εποχής, αλλά και ιστορικά βιβλία που έχουν γραφτεί για το τάγμα. Η κατοχή αυτού του κειμηλίου αποτελούσε και την πραγματική πηγή της δύναμής τους, καθώς κατείχαν τον ίδιο το «Λόγο του Θεού». Μετά την αποχώρηση από τους Άγιους Τόπους η Κιβωτός φυλασσόταν στο Παρίσι και φυγαδεύτηκε μόλις την τελευταία στιγμή πριν τη σύλληψή τους από το Βασιλιά Φίλιππο, προς άγνωστη κατεύθυνση. Ο Φίλιππος και ο Πάπας στην πραγματικότητα επεδίωκαν την αφαίρεση της Κιβωτού από τους Ναίτες και τα βασανιστήρια που ακολούθησαν τις συλλήψεις αποσκοπούσαν στην αποκάλυψη του τόπου μεταφοράς της Κιβωτού. Όμως ποτέ δεν κατόρθωσαν να το μάθουν και η Κιβωτός παραμένει μέχρι σήμερα είτε ξεχασμένη στο μέρος όπου οδηγήθηκε όταν φυγαδεύτηκε από το Παρίσι, είτε υπό την προστασία ενός κλάδου των Ναϊτών που έχει παραμείνει ενεργός όλα αυτά τα χρόνια, με μόνη αποστολή τη φύλαξη του ιερού κειμηλίου.
Μια άλλη θεωρία αντικαθιστά την Κιβωτό με το Ιερό Δισκοπότηρο, ενώ μια τρίτη θεωρία, ίσως η πιο συναρπαστική από όλες, θέλει τους Ναίτες κατόχους και θεματοφύλακες ενός συγκλονιστικού μυστικού. Κατά μία εκδοχή το μυστικό αυτό τους μεταβιβάστηκε και ίσως η φύλαξή του απετέλεσε και το βασικό λόγο της ίδρυσης του τάγματος, ενώ κατά μία άλλη περιήλθε στην κατοχή τους μέσω της ανακάλυψης αρχαίων κειμένων όταν αυτοί βρισκόντουσαν στην Ιερουσαλήμ.
Ως απευθείας απόγονοι του Χριστού και της Μαρίας φέρονται οι πρώτοι Βασιλιάδες της Γαλλίας, η δυναστεία των Μεροβίγγειων, οι οποίοι έμειναν στην εξουσία από τον 5ο , μέχρι τα μέσα του 8ου αιώνα μΧ, όταν έδωσαν τη θέση τους στη δυναστεία των Καρολιδών. Όμως η γραμμή αίματος των Μεροβίγγειων διατηρήθηκε. Οι Ναίτες ήταν αφενός προστάτες της γραμμής αίματος του Χριστού, δηλαδή των απογόνων των Μεροβίγγειων και αφετέρου θεματοφύλακες του μυστικού, κατέχοντας εκείνα τα αρχαία κείμενα, πολύ πιο σαφή από τα Γνωστικά Ευαγγέλια, που το κατέγραφαν.
Η επιχείρηση εκκαθάρισης των Ναιτών οργανώθηκε από εκείνες τις δύο εξουσίες τις οποίες απειλούσε η γνώση του μυστικού. Τη κοσμική εξουσία του Βασιλιά της Γαλλίας ο οποίος πιθανώς θα κινδύνευε από κάποιον απόγονο των Μεροβίγγειων και την πνευματική εξουσία του Πάπα καθώς απειλούταν η ίδια η βάση του θρησκευτικού δόγματος. Τα βασανιστήρια αποσκοπούσαν στην αποκάλυψη τόσο της ταυτότητας των απογόνων του Χριστού και των Μεροβίγγειων, όσο και των κειμένων που περιείχαν τις αποδείξεις.
Η θεωρία τελειώνει με την εκτίμηση ότι και τα δύο μυστικά των Ναιτών παρέμειναν ασφαλή, στη φύλαξη κάποιου κλάδου του τάγματος που συνέχισε να υφίσταται, με πολύ λιγότερα μέλη και χωρίς ποτέ να εκδηλώνει την ύπαρξή του. Τα δύο μυστικά υπάρχουν ακόμα και σήμερα. Κάποιος ή κάποιοι απευθείας απόγονοι του Χριστού ζουν κάπου ανάμεσά μας και σε κάποια κρύπτη βρίσκονται κρυμμένα τα αρχαία κείμενα που καταγράφουν την άγνωστη ιστορία του Υιού του Θεού.
