Η Αλχημεία, όπως υποστηρίζουν πολλοί δυτικοί ερευνητές, δημιουργήθηκε στις αρχές του 1ου αιώνα μ.Χ. από τους μυημένους στην Ερμητική Φιλοσοφία αιγυπτίους και έλληνες της Αλεξάνδρειας. Η κίνηση αυτή απέβλεπε στο να προστατεύσει την Σοφία, που είχε μεταφέρει στους ανθρώπους ο αγγελιοφόρος των Θεών Ερμής ο Τρισμέγιστος, από το καταστροφικό μένος του φανατισμού των μαζών των αμαθών και των αμυήτων, ιδιαίτερα των οπαδών της νέας τότε και ταχέως εξαπλούμενης θρησκείας, του Χριστιανισμού.
Η Ερμητική φιλοσοφία μάς είναι αρχικά γνωστή από σαράντα περίπου ελληνικά κείμενα, από τα οποία φαίνεται σαφώς ότι σκοπός της διδασκαλίας της ήταν να καταδείξει σε όσους θα αποδεικνύονταν άξιοι, την Οδό που θα τους επέτρεπε να βρουν την πνευματική ένωση με το Θείο, που είναι ο πραγματικός στόχος της επί της γής ύπαρξής του ανθρώπου.
Προκειμένου να εξασφαλιστεί η μετάδοση της Ερμητικής φιλοσοφίας, οι σοφοί χρησιμοποίησαν άτομα που η απληστία τους τα κάνει ανίκανα να κατέχουν τη Γνώση, αποφεύγοντας, κατά το δυνατόν, να πέσει σε χέρια ανάξιά της. Ως μέσον για την επίτευξη του σκοπού αυτού επελέγη η Φυσική Φιλοσοφία, που εκείνη την εποχή είχαν επεξεργαστεί οι τεχνίτες των μετάλλων, οι μεταλλουργοί. Σύμφωνα με τη θεωρία τους, η Γή είναι ένας ζωντανός οργανισμός, ένα έμβιο όν, στο εσωτερικό του οποίου τα μέταλλα εξελίσσονται και αλληλεπιδρούν, πλησιάζοντας σταδιακά την τέλεια κατάστασή τους, που είναι ο χρυσός. Η σύνδεση της Φυσικής Φιλοσοφίας με τον Ερμή τον Τρισμέγιστο έγινε χάρη στον Τίμαιο του Πλάτωνα, η αυθεντία του οποίου ήταν αναμφισβήτητη. Στο έργο αυτό πιστοποιείται η δυνατότητα των μεταλλάξεων και των μεταστοιχειώσεων και εισάγεται, σαν αρχή, για τον άνθρωπο των Τεχνών, η χρησιμοποίηση της ιδιότητας αυτής των μετάλλων, με τέτοιο τρόπο, ώστε ο μηχανισμός να επιταχύνεται σημαντικά σε σχέση με την ενδογενή φυσική ταχύτητα εξέλιξης του φαινομένου.
Η επιτυχία του σχεδίου ήταν πλήρης: η επιθυμία να παραχθεί πολύτιμος χρυσός από κάποιο άλλο μέταλλο μικρής αξίας οδήγησε στην εμφάνιση πλήθους ερευνητών, οι οποίοι, με τη μεγαλύτερη μυστικότητα, διακινούσαν τα κείμενα όπου οι τελευταίοι σοφοί της Αλεξάνδρειας και οι οπαδοί τους είχαν αποτυπώσει, με συμβολική μορφή, τις πίστεις τους και τις εμπειρίες τους.
Ο κώδικας της ερμηνείας των συμβολισμών βασίστηκε αρχικά σε δύο αντιστοιχίες: Ερμής =Υδράργυρος (Mercurius στα λατινικά) και Θεότης = Θείο, Θειάφι (Sulfur στα λατινικά). Κάτω από το παραπλανητικό αυτό ένδυμα, η Τέχνη του Αργύρου και του Χρυσού διαδόθηκε γρήγορα σε όλη τη Μέση Ανατολή και το Βυζάντιο. 
Κατά τον 8ο αιώνα, ο αναπτυσσόμενος αραβικός πολιτισμός ανέδειξε εξαιρετικά ανήσυχα πνεύματα, με εντονότατη επιστημονική περιέργεια αλλά και ισχυρή επιθυμία πλουτισμού, όμοια ακριβώς με αυτή των προκατόχων τους, Ελλήνων, Συρίων και Ρωμαίων. Όταν κατέκτησαν τη Συρία, περί το 634, οι Άραβες βρέθηκαν μπροστά σε μια ανθούσα φιλοσοφική κοινότητα, αποτελούμενη από τους σοφούς πρόσφυγες της Αλεξάνδρειας, της Αθήνας και της Ρώμης, οι οποίοι είχαν ιδρύσει σχολές, που τις ονόμαζαν Ακαδημίες, προς τιμήν του Πλάτωνα.
Οι Άραβες μετέφρασαν και συχνά εκμουσουλμάνισαν τα ελληνικά βιβλία Έμαθαν έτσι πολύ γρήγορα για την γνώση που προερχόταν από την Αίγυπτο και επέτρεπε την παρασκευή χρυσού. Στη νέα επιστήμη έδωσαν το όνομα Αιγυπτιακή, Al Koumija.
Η κατάκτηση της Μεσοποταμίας και της Παλαιστίνης από τους Άραβες είχε σαν συνέπεια πολιτισμικές αλληλεπιδράσεις. Εμφανίστηκε τότε ένα ιδιαίτερα σημαντικό βιβλίο, που αποδίδεται στον πυθαγόρειο Απολλώνιο τον Τυανέα από την Μικρά Ασία (1ος αιών), το όνομα του οποίου μετατράπηκε σε Balinas, στα αραβικά. Το ότι το έργο αυτό αποδίδεται στον Απολλώνιο, οφείλεται κυρίως στον Φιλόστρατο, ο οποίος μεταξύ άλλων, αναφέρει ότι ο Απολλώνιος είχε ταξιδέψει στην Ινδία, απ’ όπου είχε αποκομίσει πλήθος μυστικιστικών γνώσεων. Τα οκτώ χειρόγραφα αντίγραφα των πενήντα περίπου σελίδων του βιβλίου αυτού είναι όλα στα αραβικά και το αρχαιότερο χρονολογείται από το 934. Η έρευνα όμως έδειξε ότι η συγγραφή του πρωτοτύπου των συγκεκριμένων αντιγράφων πρέπει να έγινε τον 7ο αιώνα.
Ο Απολλώνιος διηγείται ότι έγραψε το βιβλίο του κατά προτροπή του Δημιουργού, ο οποίος εμφανίστηκε στο όνειρό του και τον οδήγησε σε μία κρύπτη κάτω από ένα άγαλμα του Ερμή. Εκεί συνάντησε έναν γέροντα καθισμένο σε θρόνο, που κρατούσε στο χέρι του έναν σμαράγδινο πίνακα με την επιγραφή Εδώ βρίσκεται η μορφοποίηση της Φύσης. Μπροστά του βρισκόταν ένα βιβλίο, που έγραφε Εδώ βρίσκεται το Μυστικό της δημιουργίας των όντων και η Επιστήμη της αιτίας όλων των πραγμάτων.
Οι ομοιότητες του κειμένου με την ερμητική φιλοσοφία είναι εντυπωσιακές. Πρόκειται για ένα είδος κοσμογονίας, εκφρασμένης με σύμβολα αλχημιστικού τύπου. Ο σμαράγδινος πίνακας, που αποτελείται από οκτώ άρθρα, αποτελεί μια περίληψη του βιβλίου. Έκτοτε οι αλχημιστές θεωρούν τον πίνακα αυτό ως την νοηματική αποτύπωση του Μεγάλου Έργου. Το όγδοο άρθρο, που είναι το σημαντικότερο όλων, αναφέρει: η γένεση του μικροκόσμου είναι όμοια με την γένεση του μακροκόσμου, όπου ως μικρόκοσμος εδώ νοείται η Φύση ή ο Άνθρωπος.
Καθώς όμως ο ορθόδοξος ισλαμισμός δεν επέτρεπε καμία νύξη ενασχόλησης με άλλη θεότητα πλην της του Αλλάχ, οι Άραβες καλλιέργησαν και ανέπτυξαν μόνο το πρακτικό–χημικό μέρος των ερμητικών δοξασιών, χωρίς αυτό να μειώνει έστω και στο ελάχιστο την συμβολική, φιλοσοφική και ηθική τους αξία.
Ο πρώτος Άραβας, που συγκέντρωσε και μετέφρασε όλα τα αλχημιστικά συγγράμματα της εποχής του, ήταν ο πρίγκιπας Kales ben Yezid ben Maouia, Calid για τους ευρωπαίους, στα τέλη του 6ου αιώνα και πριν το 708. 
Το Βιβλίο της Ευσπλαχνίας αποτελεί πρότυπο φιλοσοφικής και επιστημονικής μεθόδου. Στο φιλοσοφικό μέρος εκθέτει, με τρόπο συστηματικό, μια γενική θεωρία αλλαγών φύσεως, δηλαδή μεταστοιχείωσεων, που εφαρμόζεται σε όλα τα όντα. Η ομοιότητα μεταξύ του Σύμπαντος και του Ανθρώπου παραλληλίζεται με την ομοιότητα μεταξύ των πνευματικών φύσεων -εννοώντας την ψυχή, ο Αέρας και η Φωτιά κατά τον Ερμή τον Τρισμέγιστο- και των σωμάτων. Όλα αυτά επιβεβαιώνουν την ενότητα του σχεδιασμού της δομής και της δράσεως, δηλαδή των εσωτερικών και εξωτερικών δυνάμεων όλης της Εκδήλωσης, η συνέπεια της οποίας είναι ότι οι μεταστοιχειώσεις, πρέπει και μπορούν να γίνονται με ενέργειες και χειρισμούς όμοιους με αυτούς που ισχύουν για τα ζεύγη Φύση–Άνθρωπος και ψυχή–σώμα. Μελετώντες την Φύσιν, παρατηρούντες τα Φαινόμενα και κατερχόμενοι εις τα βάθη της Συνειδήσεως…όπως λέει το Τυπικό.
Ο Djabir υποδεικνύει ότι η ψυχή μπορεί να μεταμορφώσει το σώμα. Το έργο αυτό πραγματοποιείται με μέσο ένα μοναδικό πράγμα, με ένα μόνο χειρισμό και μέσα σε μια μόνο φιάλη. Απαιτείται ο διαχωρισμός της ψυχής από το σώμα, η κάθαρσή τους και ο επανασυνδιασμός τους. Το αποτέλεσμα είναι μια ουσία, ένα απόσταγμα, που ονομάζουμε ελιξίριο, από το αραβικό el ksir.
Σύμφωνα με τα ανωτέρω, δεν επαρκεί η αποδόμιση για να γίνει η ανασύνθεση. Πρέπει να μεσολαβήσει το στάδιο της κάθαρσης, που προϋποθέτει απόφαση για το επιδιωκόμενο αποτέλεσμα και τακτοποίηση, τόσο του νου όσο και των προς κάθαρση στοιχείων. Το αποτέλεσμα της διαδικασίας, το Ελιξίριο, είναι μια ουσία, οι φυσικές ιδιότητες της οποίας δεν περιγράφονται, διότι δεν πρόκειται για κάποιο υγρό ή στερεό ή αέριο σώμα, αλλά για πεμπτουσία, μια πέμπτη ουσία, διαφορετική από τις τέσσερις γνωστές: φωτιά, αέρας, νερό και γη (βλέπε τις τέσσερις συν μία ουσίες και τις τέσσερις συν μία διευθύνσεις των κινέζων σοφών). Το ελιξίριο μπορεί να φέρει τα μέταλλα στην τέλεια κατάστασή τους, που είναι ο χρυσός, χωρίς όμως αυτό να σημαίνει ότι αναμειγνυόμενο με τον μόλυβδο, για παράδειγμα, ή προβαλλόμενο πάνω σε αυτόν, τον μεταμορφώνει σε χρυσό. 
Η επέκταση του Αραβικού κράτους είχε σαν συνέπεια τη εισαγωγή της Αλχημείας στην Ισπανία, όπου, τον 12ο αιώνα, οι ιταλοί μοναχοί έκαναν τις πρώτες λατινικές μεταφράσεις των αραβικών βιβλίων, την διέδωσαν στην Γαλλία και την Ιταλία και εν τέλει στην υπόλοιπη Ευρώπη. Η διάδοσή της υπήρξε τάχιστη, κυρίως εξ αιτίας της αιώνιας επιθυμίας των ανθρώπων για την απόκτηση χρυσού, αλλά και λόγω της πνευματικής καταπίεσης που ασκούσε η παπική εκκλησία στα ανήσυχα πνεύματα, που αναζητούσαν διεξόδους.
Η πρώτη και πολύ διαδεδομένη μετάφραση του βιβλίου του Djabir έγινε μεταξύ 1114 και1187 από τον Gérard de Crémone. Τρία άλλα σημαντικά συγγράμματα που ακολούθησαν, από ευρωπαίους συγγραφείς, ήταν τα Σύνοψις Τελειότητος του Geber, Το Ροζάριο των Φιλοσόφων του Villeneuve και Η Διαθήκη του Lull. Ο Σμαράγδινος πίνακας εμφανίζεται να περιέχει δέκα άρθρα, με μία σημαντική προσθήκη στο 8ο άρθρο, που για πρώτη φορά αναφέρεται στην Λίθο, από τον Άγιο Αλβέρτο τον Μεγάλο (1193-1280). Σχολιάζοντάς την, ο φιλόσοφος και θεολόγος Θωμάς ο Ακινάτης (1227-1274) διαβεβαιώνει για την ύπαρξη μιας πνευματικής αλχημείας, για την οποία η Βίβλος είναι πλήρης και κατάλληλος οδηγός, διότι αυτή η Λίθος είναι η ψυχή του ανθρώπου (το κείμενο αυτό ανακαλύφθηκε από τον Karl Jung).
Με την εφεύρεση της τυπογραφίας το 1440, τα αλχημιστικά βιβλία, αυθεντικά ή νόθα, διαδίδονται ευρύτατα. Σε κανένα από αυτά όμως δεν γράφεται ότι κάποιος πέτυχε να μεταστοιχειώσει κάποιο μέταλλο σε χρυσό, παρά τις εκτενείς περιγραφές των τεχνικών και των συσκευών που απαιτούνται.
Η μεταστοιχείωση επιτυγχάνεται με την ανάμιξη ελάχιστης ποσότητας Φιλοσοφικής Λίθου, εμποτισμένης με αγνό κερί, και μολύβδου, σε κατάσταση τήξης. Το μείγμα βράζεται σε μέση θερμοκρασία, με σταδιακό δυνάμωμα της φωτιάς, και σε λίγο ρέει καθαρός χρυσός. Όσον αφορά όμως την παρασκευή της ίδιας της λίθου, οι πληροφορίες δεν ήταν τόσο σαφείς: αφού βρεθεί η πρώτη ύλη, πρέπει να προετοιμαστεί και κατόπιν να γίνει η κατεργασία της μέσα σε ειδικό σφαιρικό δοχείο ‘ερμητικά’ κλεισμένο, σε σταδιακά ανερχόμενη θερμοκρασία, που εξασφάλιζε ειδικός για τον σκοπό αυτό φούρνος, που λεγόταν athanor. Οι φάσεις της κατεργασίας σημειώνονταν με κωδικά χρώματα. Σε θεωρητικό επίπεδο, το όλο εγχείρημα βασιζόταν στην εφαρμογή της διπλής φύσης των μετάλλων –θείο και υδράργυρος- και στα τέσσερα στοιχεία -φωτιά, αέρας, νερό, γη.
Στα τέλη του 15ου αιώνα, η πνευματική αλχημεία προσήλκυσε πολλούς οπαδούς και περίεργους, και προκάλεσε την λυσσαλέα αντίδραση της Εκκλησίας, που πίστευε ότι χάνει μέλη από το ποίμνιό της. Στο υλικό επίπεδο, το μεγάλο μυστικό της πρώτης ύλης για την παρασκευή της φιλοσοφικής λίθου, οδήγησε σε ποικίλα πειράματα με ανόργανες, μεταλλικές συνήθως, αλλά και με οργανικές ουσίες, τα οποία προήγαγαν την φαρμακοποιία.
Ο Theophraste Aureole Bombast von Hohenheim ή Παράκελσος (1493-1541) και ο Basile Valentin, σύγχρονος του Παράκελσου, έδωσαν την τελική της μορφή στη θεωρία που αναγνώριζε στον άνθρωπο τρεις αρχές: άλας, υδράργυρος και θείο, και χρησιμοποιούσε τέσσερα στοιχεία ή ουσίες: φωτιά, αέρα, νερό και γη.
Ο Παράκελσος, πνεύμα μεγάλου διαμετρήματος και με ισχυρή επιρροή στη διανόηση της εποχής του, είχε μελετήσει σε βάθος ιατρική, φιλοσοφία, αστρολογία, Καμπάλα, θεολογία και αλχημεία. Έγραψε 99 βιβλία, περί γενικής ιατρικής, χειρουργικής, ομοιοπαθητικής και φιλοσοφίας, σχετικής με τα θέματα αυτά. Από τα τέσσερα αλχημιστικά του έργα, το σύγγραμμά του Περί των τριών βασικών Στοιχείων (ο τίτλος και μόνο παραπέμπει στα τρία Μητρικά Γράμματα της Καμπάλα) ανέδειξε το Άλας σε ουσία, ισότιμη του Υδράργυρου και του Θείου και έδωσε στην Αλχημεία την τελική της μορφή.
Η εμφάνιση του Προτεσταντισμού, το 1517 στην Wittenberg, με τις θέσεις του Martin Luther (κατά δέκα χρόνια μεγαλύτερου του Παράκελσου), βοήθησε πολύ στην διάδοση της Αλχημείας, καθώς, σε αντίθεση με τον καθολικισμό της παπικής εκκλησίας, επέτρεπε την ελευθερία της σκέψεως και της έρευνας. Όλες οι περιοχές γύρω από την κοίτη του Ρήνου, από την Ελβετία μέχρι τις κάτω χώρες, έγιναν ο αλχημιστικός άξονας της Ευρώπης. Μέχρι το 1650, τα αλχημιστικά κείμενα απέκτησαν πλούσια καλλιτεχνική εικονογράφηση. Την περίοδο αυτή αποτυπώνονται στα βιβλία και κυκλοφορούν ελεύθερα και επισήμως τα ποικίλα σύμβολα της Αλχημείας, πολλά από τα οποία είναι κοινά με τα τεκτονικά, όπως ο ήλιος και η σελήνη, το νήμα της στάθμης, ο κανόνας, η ράβδος, ο γνώμονας και ο διαβήτης, το τρίγωνο, το τετράγωνο, ο κύκλος, η σφαίρα, η λαξευμένη λίθος (κύβος) κ.ά.
Το κεντρικό σημείο της θεωρητικής σύλληψης της αλχημείας εντοπίζεται πλέον στην Φιλοσοφική Λίθο και κατά συνέπεια στην Πρώτη Ύλη από την οποία προέρχεται. Τα στοιχεία που συμμετέχουν στον σχηματισμό της Πρώτης Ύλης είναι οι τέσσερις θεμελιώδεις ουσίες: Γη, Νερό, Φωτιά και Αέρας. Τα στοιχεία αυτά συνδιαζόμενα καταλλήλως εκφράζονται ως τρεις αρχές: Άλας, Υδράργυρος και Θείο. Εννοείται βεβαίως ότι δεν πρόκειται για τα φυσικά σώματα με τα ονόματα αυτά, αλλά για τα φιλοσοφικά και συμβολικά τους ομόλογα. 
Τα τέσσερα στοιχεία σχηματίζουν ένα σταυρό από δύο ίσα και κάθετα μεταξύ τους ευθύγραμμα τμήματα, που είναι συγχρόνως και οι δύο διάμετροι ενός κύκλου, που τέμνονται σε ορθή γωνία. Στην βάση του κάθετου ευθύγραμμου τμήματος βρίσκεται το στοιχείο Γη και στην κορυφή του το Πυρ. Στην αριστερή άκρη του οριζόντιου τμήματος τοποθετείται το στοιχείο Αήρ και στην δεξιά του το Ύδωρ. Με αυτή την τοποθέτηση των τεσσάρων στοιχείων έχουν δημιουργηθεί τρία επίπεδα: στη βάση το στερεό Γη, στη μέση τα δύο ρευστά Αέρας και Νερό, και στην κορυφή η Φωτιά. Το στοιχείο της βάσης -Γη- αντιστοιχίζεται με την αρχή Άλας, το στοιχείο της κορυφής -Φωτιά- με την αρχή Θείο (Sulfure, Θειάφι), τα δε ενδιάμεσα στοιχεία, που έχουν ρόλο διαχωριστικό και διαβιβαστικό -Αέρας και Νερό- αντιστοιχίζονται με την ουσία Υδράργυρος ( Mercure, Ερμής). Τα χρώματα που αντιστοιχούν στις τρεις ουσίες είναι: μαύρο για το Θείο, λευκό για τον Υδράργυρο και Κόκκινο για τη Φωτιά.
Η διάταξη των συμβόλων σε τρία επίπεδα, από κάτω προς τα πάνω, αναπαριστά επίσης και την πορεία του Μεγάλου Έργου: Μέλαν Έργο, Λευκό Έργο, Ερυθρό Έργο. Δεν πρόκειται για καμία μετά θάνατον συμβολική πορεία, αλλά για την επίγεια συνείδηση του ανθρώπου, και ιδιαίτερα του αλχημιστή, που ανέρχεται από την ύλη-σώμα προς το Θείο, με μέσο την αγάπη για την Σοφία (Φιλοσοφία) και οδηγό τον Ερμή-Υδράργυρο. 
Στο ίδιο βιβλίο συναντάμε και μία άλλη γκραβούρα, με σχήμα αυγού -το Αυγό του Κόσμου- με τον τίτλο Materia Prima (Πρώτη Ύλη), όπου κύρια φιγούρα είναι το περίφημο Ερμητικό Ανδρόγυνο ή Rebis. Πρόκειται για ένα ανθρώπινο σώμα με δύο κεφάλια, ένα ανδρικό αριστερά, συνδεδεμένο με τον Ήλιο και ένα γυναικείο δεξιά, συνδεδεμένο με την Σελήνη. Πάνω στα δύο κεφάλια στηρίζεται ένα εξάκτινο αστέρι με το σύμβολο του Ερμή-Υδράργυρου στο εσωτερικό του. Στο αριστερό χέρι, το όν αυτό κρατάει έναν διαβήτη, που συσχετίζεται με το ζωδιακό σημείο του Άρη και στο δεξί έναν γνώμονα, που συνδέεται με το σημείο του Δία.
Το Ερμητικό Ανδρόγυνο παίζει πρωτεύοντα ρόλο στην Αλχημιστική πρακτική, διότι είναι η Πρώτη Ύλη του Μεγάλου Έργου. Η Πρώτη Ύλη διαθέτει δύο όψεις: η μία είναι η πρωτόγονη και ακατέργαστη κατάσταση και η άλλη η κατεργασμένη, έτοιμη να υποστεί την τελική επίδραση της φωτιάς, που θα την μεταστοιχειώσει. Το πέρασμα από την πρώτη κατάσταση-μορφή στην δεύτερη απαιτεί πλήθος εργαλείων και συσκευών στο εργαστήριο, ενώ για τη μετάβαση από την δεύτερη κατάσταση-μορφή στην τελειότητα δεν χρειάζεται παρά μια φωτιά, ένα υλικό και ένα δοχείο.
Οι ομοιότητες με τον τεκτονικό συμβολισμό, στο σημείο αυτό, είναι εμφανείς: ο στόχος της εργασίας του μυημένου είναι η μετατροπή του ακατέργαστου λίθου σε τέλειο κύβο, που είναι σταθερός, συμμετρικός και κατάλληλος για την ανέγερση του Ναού του Μεγάλου Αρχιτέκτονα του Σύμπαντος.
Η ευρωπαϊκή Αλχημεία έφτασε στο αποκορύφωμά της μεταξύ 1550 και 1650. Η μελέτη των βιβλίων και των σχηματικών παραστάσεων που περιέχουν, οδηγεί στο συμπέρασμα ότι εκτός από τους αλχημιστικούς και τεκτονικούς συμβολισμούς, οι αλχημιστές είχαν γνώσεις και Ινδικής φιλοσοφίας, συγκεκριμένα Raja-Yoga και Patanjali. Σε ένα χειρόγραφο του φιλόσοφου Campanella (τέλη του 16ου αιώνα) διαβάζουμε την εντυπωσιακή περιγραφή μιας άσκησης αυτοσυγκέντρωσης ή διαλογισμού, ενός Αλεξανδρινού φιλοσόφου, με τον τίτλο Η Πρακτική της Φιλοσοφικής Έκστασης του Β…, η οποία γίνεται κατά τα βουδιστικά πρότυπα. To 1696, o Georg Gichtel εξέδωσε την Theosophia Practica, όπου συναντάμε σχήματα πανομοιότυπα με τα ινδικά, που παριστούν τα ενεργειακά κέντρα του ανθρωπίνου σώματος –chacras στα ινδικά- και τους δύο διαύλους ροής της ζωτικής ενέργειας, ida και pingala. Ας σημειώσουμε εδώ ότι οι δύο δίαυλοι της ζωτικής ενέργειας πλέκονται σε σχήμα κηρυκείου του Ερμή, που προέρχεται από την ελληνική αρχαιότητα και είναι αλχημιστικό σύμβολο και συγγενεύει με τον οδοντωτό κόρυμβο. Ο ένας δίαυλος χαρακτηρίζεται ως θηλυκός, σεληνιακού δηλαδή χαρακτήρα και ο άλλος ως αρσενικός, ηλιακού χαρακτήρα.
Βρισκόμαστε πλέον μπροστά σε ένα είδος ψυχολογικής και πνευματικής Αλχημείας, όπου η φιάλη η ‘ερμητικά’ κλεισμένη συμβολίζει την απόλυτη απομόνωση του διαλογιζόμενου, που είναι συγχρόνως το αντικείμενο και ο δημιουργός του, η φωτιά συμβολίζει την εσωτερική έμπνευση που τον ζωογονεί, και τα τρία βασικά χρώματα είναι τα σύμβολα του θανάτου της πρότερης κατάστασης του ατόμου (πριν από τη μύηση) –μαύρο, της αγνότητας και της κάθαρσης του νέου όντος (μύηση)-λευκό, και της ισχύος της νέας του μορφής ζωής-κόκκινο.
Το πνεύμα του Γαλιλαίου (1564-1642), στα τέλη της Αναγέννησης, αποτελεί την απαρχή της επιστημονικής εποχής της ανθρωπότητας. Με την απόλυτη ειλικρίνεια του ερευνητή και την επαληθεύσιμη αντικειμενικότητά του, το έργο του εκφράζει την αντίθεση που επρόκειτο να δημιουργηθεί μεταξύ θρησκείας και επιστήμης και κατόπιν μεταξύ επιστήμης και φιλοσοφίας.
Ο επόμενος μεγάλος επιστήμων και διανοητής υπήρξε ο Νεύτων (1642-1727), ο οποίος συνέγραψε τις Μαθηματικές Αρχές Φυσικής Φιλοσοφίας, 1687 και τεράστιο όγκο χειρόγραφων σημειώσεων. Το ήμισυ των σημειώσεών του πραγματεύονται τη Θεολογία, ένα τέταρτο την Φυσική και το τελευταίο τέταρτο την Αλχημεία.
Οι σημειώσεις του για την Αλχημεία παρέμειναν άγνωστες και ασχολίαστες από τους ερευνητές, μέχρι το 1975-76. Το 1975 ο Dobbs εξέδωσε το βιβλίο Βάσεις της Νευτώνειας Αλχημείας και το 1976 ο Ιωάννης Ζαφειρόπουλος και η Catherine Monod το βιβλίο Sensorium Dei. Από τα δύο αυτά έργα συμπεραίνουμε τα εξής:
Ο Νεύτων ήταν κατά το ήμισυ μόνο αλχημιστής. Με δεδομένο το αναλυτικό επιστημονικό πνεύμα του και την βαθιά θρησκευτική του πίστη, οδηγήθηκε, μεταξύ άλλων, στους νόμους της μάζας (μέτρο της ποσότητας της ύλης), της δύναμης και της σωματιδιακής φύσης της ύλης. Η ποσοτική θεωρία της ύλης απομακρύνεται πολύ από την τυπικά αλχημιστική θεώρηση των τεσσάρων ουσιών –Φωτιά, Αέρας, Νερό και Γη- παρότι παραμένει ουσιαστικά ποιοτική. Αν και προσηλωμένος στα τέσσερα στοιχεία και τις τρεις αρχές, η φιλοσοφική Αλχημεία τον άφησε αδιάφορο, διότι με την πίστη του είχε λύσει το πρόβλημα του προορισμού του ανθρώπου. 
Ο Νεύτων, μελετώντας την Αλχημεία, έψαχνε τους νόμους που διέπουν την ύλη σε σωματιδιακό επίπεδο. Με την ίδια επιστημονική μέθοδο που είχε ανακαλύψει και υπολογίσει τους μηχανισμούς έλξης και άπωσης που κυβερνούν τόσο τα γήινα όσο και τα ουράνια σώματα, ερευνούσε και πειραματιζόταν στην κατεύθυνση μιας δεύτερης συμπαντικής αρχής, που θα ενοποιούσε όλη την χημεία. Η σύλληψη των ομοίων σωματιδίων, πραγματική Πρώτη Ύλη της δημιουργίας, αντικατοπτρίζει την ύλη των αρχαίων ελλήνων.
Ο Νεύτων ποτέ δεν θέλησε να παρασκευάσει χρυσό. Οι σημειώσεις του είναι γεμάτες από αποσπάσματα ήδη γνωστών βιβλίων πάνω στη Φιλοσοφική Λίθο και από σχέδια πειραμάτων με στόχο την παρασκευή της και τις μεταστοιχειώσεις των μετάλλων. Παρότι όμως δεν κατάφερε ποτέ να επιτύχει καμία μεταστοιχείωση, έφτασε πολύ κοντά στη σύλληψη του ατόμου και του μορίου, με αλχημιστική κατά ένα μέρος νοοτροπία, διότι μετά από την αποδόμηση ενός σώματος στα υπέρτατα σωματίδια που το αποτελούν, προσδοκούσε στην απαναδιοργανωμένη σύνδεσή τους για να συνθέσει ένα νέο διαφορετικό σώμα.
Η ανακάλυψη που έγινε από τον Lavoisier (1743-1784), σαράντα χρόνια μετά το θάνατό του Νεύτωνα και έφερε επανάσταση στην Φυσική και τη Χημεία ήταν ότι τα απλά σώματα αποτελούνται από άτομα, που είναι όλα ίδια μεταξύ τους. Η ανάμειξη δύο διαφορετικών σωμάτων ονομάστηκε φυσικό φαινόμενο, ενώ η παραγωγή ενός νέου σώματος από δύο άλλα ονομάστηκε χημικό φαινόμενο. Όλοι οι προβληματισμοί πνευματικού, ιδεαλιστικού και συμβολικού τύπου χαρακτηρίστηκαν σαν ανοησίες ή δεισιδαιμονίες και εγκαταλείφθηκαν τελείως.
Καθ’ όλη τη διάρκεια του 19ου αιώνα η μεταστοιχείωση εθεωρείτο ανέφικτη, και ήταν πράγματι. Αλλά ήταν ανέφικτη με χημικές μόνο μεθόδους. Το 1884, το ενδιαφέρον για την Αλχημεία αναζωπυρώθηκε, στους κύκλους των οπαδών του αποκρυφισμού και της μαγείας, με αφορμή ένα βιβλίο που εξέδωσε ο διάσημος φυσικός Marcelin Berthelot, στο οποίο μετά από μακροχρόνια έρευνα κατέληξε στο ότι η πρακτική Αλχημεία ήταν επιστήμη καθαρά χημικής φύσης, άρα ήταν επόμενο το ότι κανείς μέχρι τότε δεν κατάφερε να πετύχει την μεταστοιχείωση.
Στις αρχές του 20ου αιώνα ανακαλύφθηκε η ραδιενέργεια. Οι Pierre και Marie Curie απέδειξαν ότι η φυσική ραδιενέργεια ήταν μια φυσική μεταστοιχείωση, διότι όταν το άτομο ενός στοιχείου χωρίζεται από μόνο του σε άλλα μικρότερα μέρη, τα μέρη αυτά είναι άτομα άλλων στοιχείων. Το 1919 ο Rutherford πέτυχε την τεχνητή μεταστοιχείωση. Το άτομο είναι πλέον η δομική μονάδα κάθε ύλης. Αποτελείται από τον θετικά φορτισμένο πυρήνα, τα αρνητικά φορτισμένα ηλεκτρόνια που τον περιβάλλουν και ένα πεδίο δυνάμεων, που προσδιορίζουν τους δεσμούς με τα γειτονικά άτομα του ιδίου στοιχείου. Ο ενδεχόμενος παραλληλισμός των τριών αυτών δεδομένων με το Άλας, τον Υδράργυρο και το Θείο είναι μάλλον εντυπωσιακός.
Το 1932 ο Chadwick ανακάλυψε το νετρόνιο, χάρη στο οποίο πέτυχε το αντίθετο της διάσπασης του ατόμου. Κατάφερε δηλαδή να δημιουργήσει πυρήνες βαρύτερους από τους αρχικούς. Ο παραλληλισμός του νετρονίου με την Φιλοσοφική Λίθο, ως μέσου, είναι αναπόφευκτος. Καθώς όμως η μεταστοιχείωση στο υλικό επίπεδο ήταν ανέφικτη με τα μέσα που διέθεταν οι αλχημιστές, γίνεται φανερό ότι το εννοούμενο ‘εγχείρημα’ δεν αφορούσε το επίπεδο αυτό, διότι αν δεν επρόκειτο για νετρόνιο της πυρηνικής φυσικής, θα έπρεπε να ήταν κάποιο είδος μαγιάς, ένα ορυκτό ή μεταλλικό ένζυμο, αν όχι καταλύτης! Η τελευταία αυτή πιθανότητα αποκλείστηκε τελείως μετά τις εμπεριστατωμένες έρευνες του Georges Ranque, που εξέδωσε το 1970.
Μπορούμε, με βεβαιότητα πλέον, να συμπεράνουμε από τα μέχρι στιγμής εκτεθέντα, ότι οι Αλχημεία εκτός από την συνεισφορά της στην μοριακή χημεία, της οποίας υπήρξε ο προπομπός, προσέφερε, ενορατικά τουλάχιστον, τις καλές της υπηρεσίες στη σύλληψη της βασικής δομής της ύλης και των αρχών της πυρηνικής φυσικής.
Και από συμβολική και φιλοσοφική άποψη όμως, η συνεισφορά της είναι εξίσου σημαντική: οι τρεις ουσίες αντιστοιχούν στα τρία επίπεδα ύπαρξης: το Άλας αντιστοιχίζεται με το υλικό μας σώμα, ο Υδράργυρος-Ερμής, με τη διπλή του φύση, σελήνη-συναίσθημα και ήλιος-λογική, αντιπροσωπεύει την περιοχή της ψυχής, και το Θειάφι-Θείο εκφράζει τον πνευματικό μας κόσμο. Το όλο φιλοσοφικό οικοδόμημα στηρίζεται στον άνθρωπο και την εναρμόνισή του με τη φύση και τον παγκόσμιο ρυθμό. Αντιμετωπίζει τον άνθρωπο σαν μία ολότητα, που έχει τρεις υποστάσεις: ύλη, πνεύμα και ψυχή ή σώμα, πνεύμα και νου ή υποσυνείδητο, συνειδητό και υπερσυνείδητο ή ασυνείδητο, εγώ και υπερεγώ ή Πατήρ, Υιός και Άγιο Πνεύμα ή πριν, τώρα και μετά ή αρχή, μέση και τέλος ή ακατέργαστη ύπαρξη, κατεργαζόμενη ύπαρξη και κατεργασμένη ύπαρξη, λίθος ακατέργαστος, δύο στήλες και λίθος κατεργασμένος. Ο τελευταίος μάλιστα παραλληλισμός, μας οδηγεί στο ακόλουθο συμπέρασμα: ακατέργαστη λίθος είναι η Γη, που αντιστοιχεί στο Αλας και το μαύρο χρώμα, οι δύο στήλες, Boaz και Jaquin είναι τα στοιχεία αέρας και νερό, που αντιστοιχούν στον Ερμή-Υδράργυρο και το λευκό χρώμα και η κατεργασμένη λίθος είναι το Θείο, που αντιστοιχεί στο Πυρ και το ερυθρό χρώμα.
Στόχος είναι η ανακάλυψη του εαυτού και η σωτηρία από τη λήθη της μη πραγμάτωσης. Πρέπει ο άνθρωπος να δημιουργήσει τον εαυτό του, όχι να τον ανακαλύψει. Η ζωή δηλαδή είναι δημιουργία, είναι ένα ενέργημα, και όχι μόνο ανακάλυψη. Η ανακάλυψη προηγείται της δημιουργίας και μπορεί να είναι ένα παθητικό υποσύνολό της. Κατ’ αναλογία με τα ανωτέρω, η παρατήρηση και ο πειραματισμός έχουν σκοπό να αποκλείσουν από την περιγραφή των αντικειμένων όλες τις ιδιομορφίες του παρατηρητή, με τρόπο ώστε να δείξουν ότι αυτά τα αντικείμενα είναι ανεξάρτητα και ανεπηρέαστα από την ιδιαίτερη συνείδησή του, ενώ η δημιουργία μιας θεωρίας για τα αντικείμενα αυτά αποτελεί καθαρά ανθρώπινη δημιουργική διεργασία.
Το μέσον για την πραγμάτωση της πορείας αυτής μένει μεν προς ανακάλυψη από τον ίδιο τον άνθρωπο, αλλά είναι ένα και μόνον ένα: η Φιλοσοφική Λίθος. Πρόκειται βέβαια για αλληγορία, που υποδεικνύει έμμεσα το όραμα και την ισχυρή θέληση σαν μέσα για την επίτευξη του στόχου της τελείωσης. Η Τελείωση, το Απόλυτο Είναι, συμβολίστηκε με τον χρυσό. Απαιτείται όμως και επίπονη εργασία. ..οι εργάται είναι ευχαριστημένοι και ικανοποιημένοι?… Ένα από τα βασικά αλχημιστικά ρητά υπήρξε το προσεύχου και εργάζου -πολύ κοντινό με το μουσικήν ποίει και εργάζου των αρχαίων ελλήνων- όπου με τη λέξη προσευχή δεν πρέπει να εννοούμε τα αιτήματα που θέτουμε προς εκπλήρωση στο Υπέρτατο Όν, αλλά την ευχαριστία προς τον Μεγάλο Αρχιτέκτονα του Σύμπαντος, την αναγνώριση της Δόξας Του και τη δυνατότητα να λέμε και να εννοούμε Είμαι, που αποτελεί και την ισχυρότερη δύναμη θέσεως σε κίνηση των μηχανισμών του Σύμπαντος. Ο C.Jung, στο βιβλίο του Ψυχολογία και Αλχημεία, αναφέρει: Το αλχημιστικό Έργο ασχολείται ουσιαστικά, όχι μόνο με καθαρά χημικού τύπου πειράματα, αλλά με ένα είδος ψυχικών διεργασιών διατυπωμένων με ψευδοχημικό ιδίωμα, που εκπορεύονται και αφορούν τύπους συνείδησης που έχουν εκλείψει από τα τέλη ήδη του 16ου αιώνα. Αυτό που ο αλχημιστής βλέπει στην ύλη, ή που νομίζει ότι βλέπει, είναι στην πραγματικότητα το σύνολο των δεδομένων του υποσυνειδήτου του, το οποίο και προβάλλει.
Με τον όρο προβολή εννοούμε την απόδοση στον εξωτερικό κόσμο ερμηνειών και συναισθημάτων που αποτελούν πραγματικότητα μόνο για το υποσυνείδητό μας. Οι εμπειρίες μας δεν είναι επομένως παρά οι οδηγοί των προβολών μας. Μας προμηθεύουν τα πρότυπα, τα οποία όμως δεν έχουν άμεση και πραγματική σχέση παρά μόνο με εμάς τους ίδιους και το υποσυνείδητό μας. Η προβολή, κατόπιν, μας ωθεί να μεταβάλουμε τα αντικείμενα που μας περιβάλλουν, ώστε να ‘συμφωνήσουν’ με τις εικόνες που έχουμε δημιουργήσει, επομένως να ‘διορθώσουμε’ τον κόσμο που ζούμε και τη φύση γύρω μας, με τρόπο ώστε ό,τι μας περιβάλλει να είναι μία διαρκής απολογία και επιβεβαίωση του περιεχομένου του υποσυνείδητού μας.
Το αλχημιστικό σύμβολο δεν είναι λοιπόν η ‘αναπαράσταση’ μιας στατικής πραγματικότητας, αλλά μιας ασταμάτητης δραστηριότητας. Το ψυχολογικό μας όν, ο Υδράργυρος-Ερμής, υπόκειται διαρκώς σε δύο, συχνά αντίρροπες, δυνάμεις: τις σωματικές παρορμήσεις –Γη- με την τεράστια πρωτόγονη, ακόμα και ζωώδη κληρονομικότητα και τις εμπνεύσεις του πνεύματος –Φωτιά- με όλες τις εν δυνάμει πιθανότητες υπέρβασης της παρούσας κατάστασής μας. Τίθεται συχνά ζήτημα επιλογής, η οποία είναι εφικτή, διότι η ουσία της ύπαρξης μας, όπως και το Θείο από το οποίο εκπορεύεται, είναι ουσιαστικά ελεύθερη. …Ελεύθερος και χρηστοήθης,...το ευρύ πεδίο του στοχασμού και της δράσης…
Είναι βέβαια ευκολότερο να ακολουθήσουμε τις υλικές μας τάσεις -Γη- παρά τις πνευματικές -Φωτιά- που τείνουν να αλλάξουν εμάς και τη ζωή μας και να μας οδηγήσουν σε μάλλον άβολες καταστάσεις, για την επίτευξη στόχων των οποίων έχουμε περισσότερο την ενόραση του αγαθού αποτελέσματος παρά το ίδιο το αποτέλεσμα. Η ανάληψη και η επιτυχία ενός τέτοιου έργου προϋποθέτει, εκτός από αυτοπεποίθηση και πίστη, και μια εσωτερική δύναμη. Η ύπαρξη της δυνατότητας επιλογής μεταξύ, το λιγότερο δύο, διαφορετικών οδών, σε κάθε στιγμή της ζωής, είναι πηγή διαρκούς ψυχολογικής ανισορροπίας, που είναι ουσιαστικά η μεγαλύτερη αδυναμία μας. Η προσπάθειά μας να βρούμε ανακούφιση στην άβολη αυτή κατάσταση συνιστά την καλλίτερη τροφή για τις προβολές, που αναφέραμε πριν λίγο. Αναζητούμε τότε λύσεις έξω από τον εαυτό μας και φυσικά ποτέ δεν τις βρίσκουμε.
Στο σημείο αυτό απαιτείται η διύλιση του Υδραργύρου, δηλαδή η επεξεργασία του εαυτού. Αυτό το στάδιο, στην αλχημιστική ορολογία, είναι το Λευκό Έργο. Το εργαστήριο είναι η καθημερινή ζωή, που αποτελεί της εκδήλωση του ατελούς εαυτού, ο οποίος όμως βρίσκεται σε κατάσταση διαρκούς εξέλιξης, στην προσπάθεια βελτίωσής του.
Με την ολοκλήρωση του Λευκού, αρχίζει το Ερυθρό Έργο. Το Έργο αυτό δίνει ισχύ, που συμβολίζεται από το κόκκινο χρώμα. Η χρήση της ισχύος –Φιλοσοφική Λίθος- δεν είναι εύκολη υπόθεση. Η δύναμη της μεταστοιχείωσης του εαυτού και του εξωτερικού κόσμου, είναι η ολοκληρωτική αφοσίωση του όντος στην έκφραση του Θείου, που είναι η μόνη στάση άξια και σύμφωνη με το χάρισμα που μας έχει δοθεί.
Μέχρι στιγμής έχουμε εντοπίσει αρκετές ομοιότητες αρχών και συμβόλων μεταξύ του φιλοσοφικού αλχημιστικού συστήματος και του τεκτονικού, χωρίς όμως να είμαστε σε θέση να τεκμηριώσουμε ότι τα δύο αυτά έχουν λειτουργική σχέση και επικοινωνία μεταξύ τους. Κάθε θρησκευτικό, εσωτεριστικό ή φιλοσοφικό σύστημα χρησιμοποιεί τα οικεία του σύμβολα, που είναι λογικό και επόμενο να έχουν κάποιες ομοιότητες, καθώς ο τελικός ελάχιστος στόχος, η βελτίωση του εαυτού, είναι κοινός σε όλα. Η προσπάθεια της ερμηνείας και του παραλληλισμού των συμβόλων, είτε υπό ιστορικό είτε υπό φιλοσοφικό είτε υπό χρηστικό μόνο πρίσμα, έχει συνήθως σαν αποτέλεσμα την εμβάθυνση στο νόημα του Έργου που ο καθένας έχει αναλάβει. Ένα από τα συνήθως επωφελή αποτελέσματα της διείσδυσης αυτής είναι η κατανόηση των επιμέρους στοιχείων που συνιστούν την πορεία του Έργου.
Για παράδειγμα, είναι πολύ χρήσιμο να γνωρίζω, όταν ίσταμαι μεταξύ των δύο στηλών, ότι αυτό συμβολίζει τις δύο αντίθετες φύσεις μου, την αρσενική-θηλυκή, συνειδητή-ασυνείδητη, καλή-κακή, θετική-αρνητική κ.λπ. και ότι η απόσταση μεταξύ τους είναι ο δρόμος που πρέπει να διανύσω μέχρι να τις φέρω σε αρμονία συνύπαρξης. Αν για τον αλχημιστή, οι αυτές έννοιες συμβολίζονται με τον αέρα και το νερό ή με τον ήλιο και την σελήνη, η δε αντίστοιχη πορεία με τον Ερμή-Υδράργυρο, δεν έχει και τόση σημασία: Το Έργο είναι ίδιο.
Τα σύμβολα πάντως έχουν επιρροή επάνω μας ακόμα και όταν δεν γνωρίζουμε τι σημαίνουν. Αρκεί να αναλογιστούμε τι συμβαίνει μέσα μας και πώς αισθανόμαστε όταν βρισκόμαστε μέσα σε έναν αρχαίο ναό. Δεν είναι τυχαίο ότι ο αλχημιστής περνούσε ένα μέρος της ζωής του ανάμεσα σε όργανα, εργαλεία και χημικές ουσίες, που είχαν όχι μόνο χρηστικό αλλά κυρίως συμβολικό χαρακτήρα. Δεν είναι τυχαίο επίσης ότι οι εργασίες μας γίνονται μέσα στον Νο οποίος βρίθει συμβόλων. Έτσι, η έννοια του συμβόλου γίνεται με τη σειρά της σύμβολο της μη στατικότητας, της ασταμάτητης εργασίας και δραστηριότητας.
